數控深孔鉆鏜床的主軸機構（organization)采用滾動軸承(bearing)，主軸頭為短錐法蘭盤機構。主軸的軸向定位軸承安裝在主軸的前支點上，利用螺母可調整前支點上的雙列滾柱軸承的徑向滾動間隙，主軸制動時采用液壓控制（control)，制動裝置在III軸上，當按動剎車按鈕后，主軸可以立即停止。
當加工工件過重或機床長期使用后，制動裝置內的磨擦片磨損（零部件失效的一種基本類型），而制動不靈時可調整活塞(piston)的阻尼孔提高制動的靈敏性。主軸的正轉操縱室用按鈕、電磁滑閥等元件控制（control)的，推動磨擦片的油缸在I軸上，活塞固定(fixed)，油缸移動，按動正轉按鈕，油缸右腔進油，摩擦片3被壓緊，齒輪（Gear）4被帶動的正轉；按動反車按鈕，油缸左腔進油，磨擦片1被壓緊，齒輪2被帶動得正轉加速，當切削負荷不大時，在上述情況下，正轉變換到正轉加速可不停車，用按鈕直接操縱。
床頭箱主軸上固定(fixed)著卡盤體。在數控深孔鉆鏜床上，工件采用兩種裝夾方式：一采用四爪單動卡盤夾緊，卡爪經過加長淬火(quenching)處理，二是采用錐盤頂緊。鏜孔時應使卡盤體端面與工件之間留有100-130mm的間隙，以便排出切屑和冷卻液。
